המעבר מקלקיליה לישראל נקרא ע"י מינהל מרחב התפר: מעבר אייל. הוא נמצא בקצה הצפון מערבי של החומה ופועל במתכונת של מעבר גבול לעובדים, סוחרים, ביקור רפואי, וביקורי משפחות של אסירים הכלואים בישראל. היציאה/כניסה הראשית של קלקליה היא בכביש היוצא מהעיר בכיוון מזרח, ומתחבר לאחר קילומטר אחד לכביש 55. מכביש זה יכולים התושבים להגיע לכל אזורי השטחים הכבושים.