מערכת המשפט הצבאית מושתתת בעיקר על הפללות. מעטים נתפסים בשעת המעשה. הוכחות מוצקות הן נדירות. רוב המעצרים נעשים על בסיס חקירות שבהן הנחקרים נוקבים בשמות של שכנים, חברים לכיתה, מכרים וידידים. שיטות החקירה (מניעת שינה, איומים, בידוד והפחדות) מביאות עצורים לאולמי המשפט אחרי שכבר הודו במעשים המיוחסים להם.
על בסיס השמות שנפלטו בחקירות, החיילים פולשים בשעות הלילה לכפרים, מוציאים את הגברים והנערים ממיטותיהם ועוצרים אותם. הפלסטינים קוראים לרשימות השמות של הצבא “רשימות מכולת”.
זכות בסיסית של עציר היא להבין במה הוא מואשם ולהבין את השפה בה כתוב זיכרון הדברים של החקירה שהוא יתבקש לחתום עליו. הזכ”ד כתוב עברית, שפה שהעצור בדרך כלל אינו מבין. החקירות מתנהלות בערבית מדוברת, אבל החוקרים כותבים בעברית את הדברים שנאמרו תוך כדי החקירה וכך הם מגישים את המסמך לחתימתו של הנחקר. העציר חותם על מסמך הכתוב בשפה שהוא לא מבין ובכתב שאינו יכול לקרוא.
לכל עציר זכות להגנה על ידי עו”ד אבל השב”כ יכול למנוע ממנו להיפגש עם עורך דינו מסיבות ביטחוניות. מניעת המפגש עם עו”ד יכולה, על פי חוק, להימשך 30 יום והשופט יכול להאריך את המניעה עד 90 יום. 60% מהעצורים מנועים מלפגוש עו”ד בדיוק בתקופה הקשה ביותר של מעצרם, כשהם עוברים חקירות. גם אם יש להם עו”ד, הוא אינו רשאי לראות את התיק של מרשו בתקופת המניעה מכיוון שהתיק, לטענת החוקרים, כולל חומר חסוי.
עסקת טיעון היא הדרך המהירה ביותר לסיים הליך משפטי. הליך משפטי כזה שכולל הבאת עדים וחקירתם על מנת להוכיח ראיות היא פרוצדורה ארוכה שלא תמיד אפשר לחזות בביטחון את סופה. על פי חוק, כשמדובר באישום של בגיר בעבירות ביטחון, יכול המעצר עד לתום ההליכים המשפטיים, להימשך עד שנתיים. עסקת טיעון מבוססת על הודאה באשמה. התובע מציע לנאשם להקל בעונשו בתנאי שיודה באחד או בכמה מסעיפי כתב האישום. פרטי העסקה – ההודאה והעונש – נקבעים בדרך כלל במשא ומתן בין התובע הצבאי ועורך הדין של הנאשם. אם שני הצדדים והשופט מסכימים, השופט מאשר את העסקה שבדרך כלל זהה עם ההצעה של התובע.
למערכת המשפט הצבאי חשוב ליצור רושם שהמעצרים הרבים שהצבא מבצע מוצדקים ומבוססים על עבירות ופשעים אמתיים.בשנת 2010 נסגרו בבתי המשפט הצבאים 9542 תיקים. רק 82 מהם היו תיקים שבהם נוהלו הוכחות ונשמעו עדויות ו 25 מתיקים אלה(0.26%) הסתיימו בזיכוי מלא של הנאשם. ככל שאחוז ההודאות גבוה יותר, כן נראים ההליכים של בתי המשפט אמינים יותר. בין אם הנאשם נשפט בעסקת טיעון או בהליך ארוך עם עדים והוכחות – רוב העצורים נשארים במעצר עד תום ההליכים, כלומר עד מתן פסק הדין. נוהל זה מהווה ענישה לפני הרשעה. העיקרון “שאדם הוא חף מפשע עד שלא הוכחה אשמתו” לא חל על בתי משפט צבאיים! מעצר עד תום ההליכים הוא עונש לפני מתן פסק הדין.
אחת העבירות השכיחות במשפט הצבאי היא “חברות ופעילות בהתאגדות בלתי מותרת”. חמאס והחזית העממית הם ארגונים אסורים (בלתי חוקיים) כאלה. אבל לא רק מפלגות פוליטיות הן בלתי חוקיות. גם אירגוני סטודנטים, הנהלות בתי יתומים, ארגוני צדקה, קבוצות לימוד אסלאמיות, קייטנות קיץ – כל מסגרת שיש לה, או יכול היה להיות לה, איזשהו קשר עם החמאס נכלל ברשימת ההתאגדויות הבלתי מותרות. ספקטרום רחב של פעילויות חברתיות או תרבותיות נחשדות בפעילות חבלנית אסורה ולכן הן לא חוקיות.
העונשים בבתי המשפט הצבאיים מורכבים משלושה רכיבים:
מאסר בפועל (למשך חדשים או שנים).
מאסר על תנאי (למשך חודשים או שנים), וקנס כספי (אין דבר כזה אצל הישראלים).
עונש רביעי, שאינו כלול בגזר הדין שנותן ביהמ”ש, מוטל על ידי המשטרה ומופעל על פי קריטריונים שקבע מפכ”ל המשטרה:מניעת קבלת אישורי כניסה לישראל.
גם לאחר שחרורם, ובייחוד כל עוד חל עליהם המאסר על תנאי, פלסטינים מהשטחים שנשפטו פגיעים במיוחד. בתקופה זו אין להם סיכויים לקבל אישורי עבודה או כל אישור אחר לכניסה לישראל. ענישה זאת נמשכת לעתים קרובות הרבה מעבר לחלות עונש המאסר על תנאי.
מספרם הגדול של פלסטינים החיים בשטחי הכיבוש שנעצרו, נחשדו, נפתח נגדם תיק במשטרה, ונשפטו בבימ”ש, משמש כמאגר בלתי נדלה למנהל האזרחי למנוע מהם אישורי כניסה לישראל. בכך אנחנו חוזרים לנושא של הגבלת חופש התנועה.