על פי רוב, מערכת המשפט הצבאית מבוססת על הפללה; מעט אשמים נתפסים בפועל במעשה. ראיות מוצקות הן נדירות. מרבית המעצרים נעשים על בסיס חקירות בהן עצורים מודיעים על שכנים, חברים לכיתה, חברים ומכרים. שיטות החקירה (מניעת שינה, איומים, בידוד והפחדה) מביאות עצורים לאולם לאחר שהודו באישומים. חמושים בשמות שנשלפו מהחקירות, חיילים פולשים לכפרים בלילה, מנתבים גברים ונערים ממיטותיהם ועוצרים אותם. הפלסטינים כינו את רשימת השמות של הצבא “רשימת המכולת”.
זכותו הבסיסית של עצור לדעת את האישומים נגדו ולהבין את שפת פרוטוקול החקירה בטרם יתבקש לחתום על הצהרה. התיעוד כתוב בעברית, שפה שרוב העצורים אינם דוברים. החקירות מתנהלות בערבית מדוברת, אך החוקרים מתעדים את ההליך בעברית; מסמך זה מוצג מאוחר יותר לעצור כדי לחתום עליו. כך, העצור חותם על מסמך שנכתב בשפה שאינה דובר ואינו קורא.
לעצור יש זכות לעו”ד, אך שירות הביטחון הכללי יכול למנוע מעצור להיפגש עם עו”ד מסיבות ביטחוניות. החוק מתיר מניעה כזו של ייעוץ משפטי עד 30 יום, ושופט יכול להאריך זאת ל-90 יום. 60 אחוז מהעצורים מנועים מלראות עורך דין בתקופה הקשה ביותר של מעצרם: כאשר הם נחקרים. גם כאשר הזמינו עורך דין, נאסר עליו/ה לראות את תיק הלקוח במהלך התקופה. התיק, לטענת החוקרים, מכיל חומר מסווג.
הסדר טיעון הוא הדרך המהירה ביותר להביא את ההליך המשפטי לסיומו. הליך משפטי הכולל הדחת עדים וחקירת עדים להבאת ראיות הוא הליך ממושך שלא תמיד ניתן לחזות את תוצאותיו. על פי החוק, כאשר הנאשם בגיר והאישומים כרוכים בהפרות ביטחון, המעצר עד תום ההליכים המשפטיים עשוי להימשך עד שנתיים.
הסדר טיעון הוא מותנה בהודאה באשמה. התובע מציע לנאשם עונש מופחת בתמורה לקבלת אחד או יותר מהאישומים. פרטי העסקה – הודאה ועונש – נקבעים בדרך כלל במהלך משא ומתן בין התובע הצבאי לסנגור. אם שני הצדדים מסכימים על תנאי הסדר הטיעון, השופט מאשר את העסקה שברוב המקרים זהה להצעת התובע.
למערכת המשפט הצבאית חשוב ליצור את הרושם שהמעצרים הרבים שמבצע הצבא מוצדקים ומבוססים על פשעים והפרות של ממש. בשנת 2010 טופלו בבתי המשפט הצבאיים 9542 תיקים. רק 82 מהם היו דיוני הוכחות עם עדים מעידים; רק 25 (כלומר 0.26% מסך התיקים) הסתיימו בזיכוי מלא של הנאשם. ככל שאחוז ההודאות גבוה יותר, כך נראה הליכים בבתי המשפט אמינים ומהימנים יותר. עם זאת, בין אם מדובר בהסדר טיעון ובין אם מדובר בהליך הוכחות ממושך, רוב העצורים נשארים במעצר עד תום ההליכים, כלומר עד למתן גזר דין. הליך זה כשלעצמו מהווה ענישה לפני פסק דין. עיקרון “חף מפשע אלא אם הוכח אחרת” אינו קיים בבתי הדין הצבאיים, שכן החזקה במעצר עד תום ההליך היא, במהותה, ענישה לפני מתן גזר הדין.
אחד האישומים הנפוצים בבתי המשפט הצבאיים הוא “חברות ופעילות בארגון בלתי חוקי”. חמאס והחזית העממית אסורים, ולכן הם בלתי חוקיים. אבל לא רק מפלגות פוליטיות נכנסות לקטגוריה הזו; כך גם ארגוני סטודנטים, הנהלות של בתי יתומים, ארגוני צדקה, קבוצות לימוד אסלאמיות, מחנות קיץ – כל סוכנות או עמותה שיש לה או אולי יש לה קשר כלשהו עם חמאס. קשת רחבה של פעילויות חברתיות ותרבותיות חשודות בפעילות טרור אסורה, ולכן הן מסווגות כבלתי חוקיות.
העונש שהוטל על ידי בתי המשפט הצבאיים כולל שלושה מרכיבים: זמן ריצוי (מאסר למשך חודשים או שנים), על תנאי (נמשך גם חודשים ושנים) ו קנס כספי (דבר שלא קיים במערכת הישראלית). עונש רביעי, שאינו מצויין בגזרי הדין שניתנו על ידי השופטים, נופל בסמכות המשטרה ומתבצע על פי קריטריונים שנקבעו על ידי מפקד המשטרה: אין היתר כניסה לישראל מונפקת לפלסטינים מורשעים גם לאחר שחרורם, במיוחד כל עוד בתוקף מאסר על תנאי. פלסטינים מהשטחים שהורשעו וריצו זמן הם פגיעים במיוחד, שכן בתקופה זו לאחר שחרורם אין להם סיכוי לקבל אישור עבודה או כל היתר אחר הכרוך בכניסה לישראל. איסור זה נמשך פעמים רבות יותר מתקופת העונש או המאסר על תנאי.
רוב הפלסטינים מהשטחים שנעצרו, נחשדו, הואשמו, נשפטו והורשעו בבתי המשפט הצבאיים מספקים מאגר בלתי נדלה למינהל האזרחי כדי לשלול מהפלסטינים היתרי כניסה לישראל. זה מחזיר אותנו לסוגיית הפגיעה בחופש התנועה המוזכרת בפסקת הפתיחה.