המינהל האזרחי – הוקם ב-1981 כדי ש"ינהל את העניינים האזרחיים באזור [בשטחים הכבושים] ". הוא החליף את הממשל הצבאי, אך סופח למשרד הביטחון בכפוף למתאם הפעולות בשטחים ובכך לאלוף פיקוד המרכז – כך ש"אזרחי" הוא ממש לא, וגם דאגה לרווחת התושבים ולטובתם קשה למצוא בהתנהלותו.
הוא ממונה על כל ההיבטים האדמיניסטרטיביים של חיי הפלסטינים בשטחים: הנפקת אישורי הכניסה לישראל, אישורי התנועה בתוך יו"ש, אישורי תנועה ברכב , אישורי עבודה; הסדרי הקרקעות; אישורי בנייה והריסת בתים; חשמל, מים, בריאות, חינוך. לכל שטח אחריות ממשלתי ממונה קצין מטה המרכז את הפעילות בתחום מול המשרד הממשלתי הישראלי והגורמים הפלסטיניים.
המגע עם האוכלוסייה האזרחית מתנהל באמצעות 8 משרדי מינהלת התיאום והקישור הישראליים (מת"קים), הפועלים ביהודה ושומרון. רק ב-3 מעברים יש כיום יש נציגות מת"ק, ואפשר לברר מניעות, היתרים, ולקבל כרטיס מגנטי: מחסום תרקומיא בדרום הגדה, מחסום קלנדיה באזור ירושלים, ומחסום שער אפריים במרכז הגדה.
באמצע 2019 מעודד המינהל האזרחי את התושבים הפלסטינים להירשם לאפליקציה של המינהל שבאמצעותה אפשר לבקש היתרי כניסה, הסרות מניעה ועוד. הרשמה לאפליקציה מאפשרת לשירותי הביטחון כניסה לכל המידע האישי.
עודכן 1.2021 ענת