מחסום חווארה הוא מחסום פנימי מדרום לעיר שכם, בצומת הכבישים 60 ו-5077 (בין ההתנחלויות ברכה ואיתמר). מחסום זה היה אחד מארבעת מחסומים הקבועים שסגרו על שכם (מחסומי בית פוריכ ועוורתא ממזרח ומחסום בית איבא ממערב). זה היה מחסום להולכי רגל בלבד. כמתנדבות מחסום ווטש, צפינו יום יום במהלך שתי משמרות, בוקר וצהרים, באלפי הפלסטינים היוצאים משכם ומחכים שעות בתורים כדי להגיע לכל מקום אחר בגדה, מהעבר השני לשל המחסום ניתן היה להגיע ליעד רק בתחבורה ציבורית. 
בתחילת חודש יוני 2009, במסגרת הקלות על תנועת הפלסטינים בגדה נפתח המחסום לתנועת כלי רכב. המעבר היה חופשי, עם נוכחות צבאית במגדל השמירה ומדי פעם נעשות בדיקות של רכבים. 

לאחר פלישת החמאס והטבח בשמחת תורה ב 7.10.23 המחסום נסגר לתנועת פלסטינים

העיירה חווארה  שוכנת בנפת שכם בשטח C; היא ממוקמת כ-8 ק"מ מדרום לשכם, ברום של 525 מטר מעל פני הים. תושבי העיירה (כ-7,000 ב-2017) הם מוסלמים, אך השם 'חווארה' משמר כנראה את השם חורון, אזור שהיה נפה שומרונית בימי עזרא ונחמיה.  בסמוך לחווארה נמצאות ההתנחלויות הר ברכה, יצהר, איתמר, וכן המאחז גבעת רונן ומאחזים נוספים. בסמוך לעיירה ממוקמת חורבת אבו איסמאעיל, הלא הוא אברהם אבי ישמעאל (דוח מקאמים בגדה המערבית, עמ' 25-28). בתי ספר בחווארה משמשים כבתי ספר אזוריים לכפרי הסביבה, וכביש 60 המהווה עורק התחבורה העיקרי אל יישובי גב ההר עובר בעיירה. כביש "עוקף חווארה" הנסלל מאז 2021 מיועד להחליף את התוואי הנוכחי שעובר בלב העיירה. מסלול הכביש מתחיל בצומת תפוח (כביש חוצה שומרון) ועובר מזרחית לעיירה. הוא מיועד לשרת את היישובים יצהר והר ברכה שמצפון לעיירה ואת יישובי צפון השומרון.

מאז האינתיפאדה הראשונה יש חיכוכים קשים בין המתנחלים באזור ותושבי העיירה והכפרים הסמוכים. המתנחלים עוקרים עצי זית, משתלטים על אדמות מדינה ואדמות פרטיות של פלסטינים ויוזמים התקפות אלימות ופעולות "תג מחיר" בכפרים ובעיירה. במקרים רבים מיידים תושבים אבנים לעבר רכבי יהודים או כוחות צה"ל, והיו כמה ניסיונות ירי ואף ניסיון לינץ' במתנחלים החולפים ברכביהם בעיירה.

ב-26 בפברואר 2023 תקפו כ-400 מתנחלים את תושבי העיירה במשך 5 שעות והעלו באש רכוש, כגון בתים ומכוניות. הפרעות התרחשו בתגובה לפיגוע ירי שהתרחש באותו יום בעיירה, שבו רצח מחבל פלסטיני שני יהודים תושבי הר ברכה. עשרות מתושבי העיירה נמלטו מבתיהם כדי להינצל מהאש. פלסטיני אחד נורה למוות ועשרות נפצעו, בעיקר משאיפת עשן. גדוד מילואים וצוותי מג"ב שהיו מוצבים בעיירה לא מנעו את ההצתות וחילצו משפחות פלסטיניות מבתיהן רק לאחר שהוצתו. 6 מתנחלים נעצרו ושוחררו כעבור יום. השר האוצר סמוטריץ' הצהיר כי "מדינת ישראל צריכה למחוק את חווארה". מנגד – ארגוני שמאל ומרכז ארגנו הפגנות סולידריות ופעולות תמיכה בתושבי חווארה.

חווארה המשיכה להיות בכותרות בכל החודשים שאחרי: פוגרומים של המתנחלים, פיגועים של פלסטינים וחוזר חלילה, נוכחות מסיבית של הצבא בעיירה, ועוצר דה פקטו של המסחר והחיים במרכז העיר. ב-5.10.23 התרחש פיגוע ירי ללא נפגעים בצומת עינאבוס הסמוך לחווארה, ובעקבותיו הקים ח"כ צבי סוכות במרכז חווארה עוד באותו ערב סוכה, ומאות מתנחלים מגובים בצבא רב חסמו את הכביש הראשי וקיימו בלב העיירה תפילות כל הלילה ולמחרת.  בשבת 7.10.23 החלה מלחמת "חרבות ברזל" בהתקפה של חמאס על יישובי עוטף עזה מול נוכחות דלה של צה"ל. ביקורת רבה ניתכה על הוצאת כוחות צבא מאזור עוטף עזה והצבתם בגדה, ובאזור חווארה והשומרון בפרט, כמגן למתנחלים המשתלטים ומתפרעים. 
 

ב-12.11.23 נפתח קטע ראשון של כביש עוקף חווארה המיועד לתנועת ישראלים בלבד.  כך יכולים המתנחלים לעקוף הכביש החוצה את מרכז חווארה, שהוא העורק המרכזי לתנועה מאזור שכם לרמאללה ולדרום הגדה. לצורך הקמת הכביש הפקיע המינהל האזרחי 406 דונם של אדמות פרטיות של פלסטינים מהכפרים הסמוכים. המתנחלים כרגע אינם מסתפקים בכך, ודורשים לנסוע גם דרך חווארה עצמה כדי להפגין נוכחות ושליטה.

(עדכון נובמבר 2023)

מחסום כתר ממערב לעיר שכם. פעל משנת 2001 ועד 2009 כאחד מארבעת המחסומים הקבועים הסוגרים על העיר - בית פוריכּ ועוורתא ממזרח וחווארה מדרום. מחסום להולכי רגל בלבד, בו נכחו חברות מ. וו. יום יום מספר שעות בבוקר  ואחה"צ כדי לתעד את אלפי הפלסטינים המחכים שעות בתורים ארוכים ללא מחסה בחום או בגשם, כדי לצאת מעיר המחוז לכל מקום אחר בגדה. ממרץ 2009, במסגרת הקלות על תנועת הפלסטינים בגדה, הוא בוטל, ללא זכר, ומבלי שנוצר שינוי לרעה במצב הביטחוני.

מחסום בית פוריכּ

אחד משלושה המחסומים שסגרו על העיר שכם - בית פוריכ ממזרח, חווארה מדרום, בית איבא ממערב.
המחסום ממוקם בצומת הכבישים 557 (כביש אפרטהייד האסור בנסיעה לפלסטינים), המוביל להתנחלויות איתמר ואלון מורה ולכביש 5487.
המחסום הוקם ב-2001 להולכי רגל ולרכבים; שעות הפתיחה היו קצרות והמעבר היה אטי ובעייתי מאוד. לכאורה המחסום נועד לפקח על התנועה של תושבי בית פוריכּ ובית דג'ן, בהיותו הפתח היחידי אל מחוץ לכפריהם.
מאז מאי 2009 המחסום פועל 24 שעות ביממה, הנוכחות הצבאית מצומצמת, רכבים יכולים לעבור בו ללא בדיקות, למעט בדיקות אקראיות.  (עודכן באפריל 2010)

נמצא מערבית לשכם ודרומית להתנחלות שבי שומרון, כקילומטר אחד מהכפר דיר שאראף. המחסום הופעל בתחילת מרץ 2009 לאחר שמחסום בית איבא נסגר. המעבר במחסום מותר לפלסטינים, אך לא לישראלים. בניגוד למחסומים המובילים לקלקיליה ולטולכרם, המעבר לפלסטינים ישראלים מותר רק בשבת.

מחסום סרה
שבין הישוב הפלסטיני סרה לעיר המחוז שכם,
מאז 2011, מחסומים פנימיים בין יישובי הגדה אפשרו מעבר תושבים פלסטינים בין הערים הפלסטניות. .
אחרי הטבח הנורא של החמס על הישראלים בעוטף עזה  ב7 באוקטובר, התחילו מחסומים פנימיים להיות מאויישים על ידי הצבא ולמנוע מעבר חפשי לפלסטינים.
הוטלו הגבלות רבות על הפלסטינים בגדה. עם מניעת התנועה ומניעת האפשרות להתפרנס בישראל ביחד הצטברות הפיגועים של הפלסטינים מהגדה - התגברה ההקצנה של הצבא והמתנחלים כלפי הפלסטינים. 
ההתנהלות במחסום סרה היא אחד הביטויים של ההגבלות על חיי הפלסטינים.