מחסום חווארה הוא מחסום פנימי מדרום לעיר שכם, בצומת הכבישים 60 ו-5077 (בין ההתנחלויות ברכה ואיתמר). מחסום זה היה אחד מארבעת מחסומים הקבועים שסגרו על שכם (מחסומי בית פוריכ ועוורתא ממזרח ומחסום בית איבא ממערב). זה היה מחסום להולכי רגל בלבד. כמתנדבות מחסום ווטש, צפינו יום יום במהלך שתי משמרות, בוקר וצהרים, באלפי הפלסטינים היוצאים משכם ומחכים שעות בתורים כדי להגיע לכל מקום אחר בגדה, מהעבר השני לשל המחסום ניתן היה להגיע ליעד רק בתחבורה ציבורית. 
בתחילת חודש יוני 2009, במסגרת הקלות על תנועת הפלסטינים בגדה נפתח המחסום לתנועת כלי רכב. המעבר היה חופשי, עם נוכחות צבאית במגדל השמירה ומדי פעם נעשות בדיקות של רכבים. 

לאחר פלישת החמאס והטבח בשמחת תורה ב 7.10.23 המחסום נסגר לתנועת פלסטינים

העיירה חווארה  שוכנת בנפת שכם בשטח C; היא ממוקמת כ-8 ק"מ מדרום לשכם, ברום של 525 מטר מעל פני הים. תושבי העיירה (כ-7,000 ב-2017) הם מוסלמים, אך השם 'חווארה' משמר כנראה את השם חורון, אזור שהיה נפה שומרונית בימי עזרא ונחמיה.  בסמוך לחווארה נמצאות ההתנחלויות הר ברכה, יצהר, איתמר, וכן המאחז גבעת רונן ומאחזים נוספים. בסמוך לעיירה ממוקמת חורבת אבו איסמאעיל, הלא הוא אברהם אבי ישמעאל (דוח מקאמים בגדה המערבית, עמ' 25-28). בתי ספר בחווארה משמשים כבתי ספר אזוריים לכפרי הסביבה, וכביש 60 המהווה עורק התחבורה העיקרי אל יישובי גב ההר עובר בעיירה. כביש "עוקף חווארה" הנסלל מאז 2021 מיועד להחליף את התוואי הנוכחי שעובר בלב העיירה. מסלול הכביש מתחיל בצומת תפוח (כביש חוצה שומרון) ועובר מזרחית לעיירה. הוא מיועד לשרת את היישובים יצהר והר ברכה שמצפון לעיירה ואת יישובי צפון השומרון.

מאז האינתיפאדה הראשונה יש חיכוכים קשים בין המתנחלים באזור ותושבי העיירה והכפרים הסמוכים. המתנחלים עוקרים עצי זית, משתלטים על אדמות מדינה ואדמות פרטיות של פלסטינים ויוזמים התקפות אלימות ופעולות "תג מחיר" בכפרים ובעיירה. במקרים רבים מיידים תושבים אבנים לעבר רכבי יהודים או כוחות צה"ל, והיו כמה ניסיונות ירי ואף ניסיון לינץ' במתנחלים החולפים ברכביהם בעיירה.

ב-26 בפברואר 2023 תקפו כ-400 מתנחלים את תושבי העיירה במשך 5 שעות והעלו באש רכוש, כגון בתים ומכוניות. הפרעות התרחשו בתגובה לפיגוע ירי שהתרחש באותו יום בעיירה, שבו רצח מחבל פלסטיני שני יהודים תושבי הר ברכה. עשרות מתושבי העיירה נמלטו מבתיהם כדי להינצל מהאש. פלסטיני אחד נורה למוות ועשרות נפצעו, בעיקר משאיפת עשן. גדוד מילואים וצוותי מג"ב שהיו מוצבים בעיירה לא מנעו את ההצתות וחילצו משפחות פלסטיניות מבתיהן רק לאחר שהוצתו. 6 מתנחלים נעצרו ושוחררו כעבור יום. השר האוצר סמוטריץ' הצהיר כי "מדינת ישראל צריכה למחוק את חווארה". מנגד – ארגוני שמאל ומרכז ארגנו הפגנות סולידריות ופעולות תמיכה בתושבי חווארה.

חווארה המשיכה להיות בכותרות בכל החודשים שאחרי: פוגרומים של המתנחלים, פיגועים של פלסטינים וחוזר חלילה, נוכחות מסיבית של הצבא בעיירה, ועוצר דה פקטו של המסחר והחיים במרכז העיר. ב-5.10.23 התרחש פיגוע ירי ללא נפגעים בצומת עינאבוס הסמוך לחווארה, ובעקבותיו הקים ח"כ צבי סוכות במרכז חווארה עוד באותו ערב סוכה, ומאות מתנחלים מגובים בצבא רב חסמו את הכביש הראשי וקיימו בלב העיירה תפילות כל הלילה ולמחרת.  בשבת 7.10.23 החלה מלחמת "חרבות ברזל" בהתקפה של חמאס על יישובי עוטף עזה מול נוכחות דלה של צה"ל. ביקורת רבה ניתכה על הוצאת כוחות צבא מאזור עוטף עזה והצבתם בגדה, ובאזור חווארה והשומרון בפרט, כמגן למתנחלים המשתלטים ומתפרעים. 
 

ב-12.11.23 נפתח קטע ראשון של כביש עוקף חווארה המיועד לתנועת ישראלים בלבד.  כך יכולים המתנחלים לעקוף הכביש החוצה את מרכז חווארה, שהוא העורק המרכזי לתנועה מאזור שכם לרמאללה ולדרום הגדה. לצורך הקמת הכביש הפקיע המינהל האזרחי 406 דונם של אדמות פרטיות של פלסטינים מהכפרים הסמוכים. המתנחלים כרגע אינם מסתפקים בכך, ודורשים לנסוע גם דרך חווארה עצמה כדי להפגין נוכחות ושליטה.

(עדכון נובמבר 2023)

מחסום אליהו, המכונה גם "מעבר הפירות", הוא אחד המחסומים העיקריים בין ישראל לגדה.
הוא ממוקם על כביש 55 בין אלפי מנשה לבין הפנייה לקלקיליה ולצופים, יותר מ-4 ק"מ ממזרח לקו הירוק, בגדר ההפרדה, המנתקת את קלקיליה מאדמותיה שמדרומה, ובכך, נשארת אלפי מנשה ממערב לגדר. התוואי של הגדר יצר מובלעת גדולה של שטח פלסטיני ממערב לגדר - מרחב התפר.  
המחסום הזה, קילומטרים ספורים מעבר לקו הירוק, מיועד "להתיישבות הישראלית באיו"ש ולאוכלוסיית מרחב התפר".
המחסום מנוהל על ידי חברה אזרחית. עוברים בו בעיקר רכבים ישראלים הנבדקים ביציאה לישראל, רכבים של ישראלים ערבים מעוכבים מדי פעם, ונבדקים ביסודיות במתקן מיוחד.
גם פלסטינים עם היתר מיוחד לאדמותיהם שבמרחב התפר מורשים לעבור בו, ברגל, ולעיתים ברכב.

מחסום בית פוריכּ

אחד משלושה המחסומים שסגרו על העיר שכם - בית פוריכ ממזרח, חווארה מדרום, בית איבא ממערב.
המחסום ממוקם בצומת הכבישים 557 (כביש אפרטהייד האסור בנסיעה לפלסטינים), המוביל להתנחלויות איתמר ואלון מורה ולכביש 5487.
המחסום הוקם ב-2001 להולכי רגל ולרכבים; שעות הפתיחה היו קצרות והמעבר היה אטי ובעייתי מאוד. לכאורה המחסום נועד לפקח על התנועה של תושבי בית פוריכּ ובית דג'ן, בהיותו הפתח היחידי אל מחוץ לכפריהם.
מאז מאי 2009 המחסום פועל 24 שעות ביממה, הנוכחות הצבאית מצומצמת, רכבים יכולים לעבור בו ללא בדיקות, למעט בדיקות אקראיות.  (עודכן באפריל 2010)

נמצא מערבית לשכם ודרומית להתנחלות שבי שומרון, כקילומטר אחד מהכפר דיר שאראף. המחסום הופעל בתחילת מרץ 2009 לאחר שמחסום בית איבא נסגר. המעבר במחסום מותר לפלסטינים, אך לא לישראלים. בניגוד למחסומים המובילים לקלקיליה ולטולכרם, המעבר לפלסטינים ישראלים מותר רק בשבת.

מחסום פנימי בלב הגדה, בצומת כביש 60 וכביש 505 (חוצה שומרון), ממזרח להתנחלות תפוח.
מחסום זה הוא "הגבול" שסימן צה"ל בין צפון הגדה לדרומה, בהתאם למדיניות הבידול בין שני חלקי הגדה שהונהגה מאז דצמבר 2005.  במחסום עוברים כלי רכב והולכי רגל המחליפים רכב בצומת.

במחסום זעתרה מסלולים נפרדים לישראלים ולפלסטינים. במסלול לישראלים אין בודקים ומסלול לפלסטינים בודקים. התור מתארך ומתקצר חליפות. המחסום, הפתוח 24 שעות ביממה, מאויש חלקית על-ידי הצבא. בדיקת העוברים במחסום נעשית באופן אקראי.

המחסום נמצא מדרום לכפר ענבתא, בצומת של כביש 60 (המוביל לשכם בכניסה לשטח A), עם כביש (57, 557 , 5576) הפונה מערבה לכיוון ההתנחלות עינב ומחסום היציאה מהגדה – תאנים.
עד 2010 נהגנו לצפות בצומת ולדווח על הטורים הארוכים שנוצרו בגלל בדיקה אטית של הרכבים בשני הכיוונים.