מחסום קלקיליה היה מוצב ביציאה מהעיר (שטח A) על הכביש היוצא מהעיר לכיוון מזרח, ומתחבר לאחר 1 ק"מ לכביש 55. כשהמחסום היה פעיל, עד 2009, צפו המשמרות בתורים ארוכים של מכוניות הנבדקות ביציאה היחידה מהעיר לשאר יישובי הגדה. המחסום בוטל אחרי השלמת הגדר המכתרת את קלקליה משלושה עברים ובניית הכביש התחתי העובר מתחת לכביש 55, אך יש נוכחות צבאית במחנה שבכניסה לעיר.

עם התחלת העבודות על גשר כביש 444ב-2021 - נפתח מחסום קלקיליה החדש באזור המשתלות ממערב לכביש 55.