המאפיין העיקרי של ההתנחלויות בצפון הגדה, שהוקמו בין הכפרים הפלסטינים העתיקים באזור, הוא היעדר צביון דתי-משיחי, ולפיכך הטרור היהודי (בהכללה) אינו מרים ראש באזור זה. עם זאת משטר ההיתרים המסובך החל על כל תושבי השטחים הכבושים, פוגע כמובן גם בתושבי הצפון: מקשה עליהם לעבור ממקום למקום, אל כרמי הזיתים שלהם, למרחב התפר או למקומות עבודה בישראל, ובכך מכה לא רק בפרנסתם אלא בכל תחומי חייהם.
באזור הצפון יש שני מחסומים גדולים – ברטעה-ריחן וג'למה-גלבוע. שניהם משמשים למעבר סחורות בשיטת גב-אל-גב ובהיקף מסחרי מהגדה למרחב התפר (ברטעה-ריחן), למעבר הולכי רגל בעיקר לעבודה בישראל, או ממרחב התפר וישראל (למשל לאזרחי ישראל הערבים) אל הגדה. המחסומים מתפקדים כמו מעברי גבול לכאורה ובהם אשנבי בדיקות לניירת; אמצעים אלקטרוניים לזיהוי אנשים; ומסועים להעברת כבודת יד, תחת פיקוח מאבטחים אזרחיים.
בשני המחסומים החקלאיים ('שערים' בשפה הצבאית), טייבה-רומנה ועאנין, עוברים בעיקר חקלאים פלסטינים, שגדר ההפרדה הרחיקה אותם מהכרמים שלהם ומאדמותיהם. כבכל המחסומים החקלאיים במרחב התפר הם מורשים לעבור מצד לצד רק עם אישור מתאים ורק בהתאם להנחיות הצבא.
כבר בשנת 2016 דיווחנו על פרצות שנפערו בגדר המערכת סמוך למחסומי הצפון או קצת הלאה מהם. למעשה, פרצות היו תמיד אך הן התרבו מאוד לאורך הגדר מצפון הגדה (ג'למה) ועד דרומה (דרום הר חברון), כאשר ישראל החלה לאפשר ליותר ויותר פלסטינים לעבוד בתוכה, כמו גם לבוא לחפש עבודה. אלפי פלסטינים העדיפו לעבור בפרצות באופן חופשי ויום יום, בעיקר לצורך עבודה בישראל, מאז ועד שנת 2022 לפחות. גם הברחות מכל סוג ועניין התנהלו בפרצות אלה כולל בעלי חיים, מוצרי חקלאות ובשר וסחורות. בעלי אישורי מעבר כשרים העדיפו לצאת מביתם בשעה סבירה ולהגיע במהירות למחסום ומשם במהירות ליעדים בישראל. בלי תור, בלי דחיפות. בלי איום של חיילים או מאבטחים חמושים במחסומים. המעבר החופשי בפרצות העמיד בסימן שאלה גדול את נחיצות המחסומים לביטחון מדינת ישראל.
באביב 2022 בעקבות מספר אירועי פיגוע קטלניים בתוך ישראל נסגרו הפרצות. בהמשך הצבא תיגבר סיורים לאורך גדר המערכת והוציב משמרות 24/7 בנקודות קבועות. גם זה לא לא עצר את ההסתננות מהשטחים לישאל וחזרה, וב 2023 נפרסה לצד הגדר חומת בטון גבוהה ואימתנית כהגנה מפני החדירות. גם לזה מצאו התושבים פתרון ועל כן הרימו מעל לחומות עוד שבכת תיל גבוהה, שתקשה את המעבר מעל לחומה באמצעות סולמות וחבלים... כאן המקום לציין ולהדגיש כי הצורך הנואש בפרנסה מחד, ובידיים עובדות מאידך, הוליד שיתוף פעולה משגשג בין קבלני פועלים משני צידי המחסומים החומות והגדרות. ממערך הברחות זה מרוויחים ונהנים יהודים, מתנחלים, פלסטינים וערבים ישראליים.
מאז ה-7 באוקטובר 2023 כתגובה למלחמה בעזה, צהל סַגר את כל המחסומים החקלאיים בגדה המערבית, ביטל את רוב אישורי המעבר לישראל של פועלים פלסטינים, חסם את הכניסות ליישובים פלסטיניים ברחבי השטחים הכבושים. מצור זה הוליד אבטלה חמורה וחרפת רעב שאין לה פתרון. בהתנחלויות ובמאחזים הפראיים שצצים על כל גבעה רמה, מתפשטת תנועת אלימות קשה מאוד כלפי כפריים ורועים, שמטרתה לגרש ולנקות את השטחים מתושביה הפלסטינים. עשרות יישובים ננטשו בחצי השנה הראשונה מאז המלמה. המדינה כנראה מעודדת את הפעילות הנפשעת הזו כי דבר לא נעשה כי למנוע אותה. בפועל, לפי דיווחי קורבנות האלימות ולפי מה שאנו רואות בשטח - הצבא משתף פעולה עם כל מעשי האלימות והתוקפנות היומיומיים.
מחסום יעבד-דותן בצומת יעבד-ג'נין (כביש 858). לרוב, המחסום אינו מאויש בחיילים וקוביות בטון גדולות מאלצות את הנהגים להאט ולזגזג ביניהן בזהירות. על גבעה סמוכה למחסום יושבת התנחלות מבוא דותן.
מחסום חרמש, שאינו מאויש, נמצא ממול להתנחלות חרמש עצמה.
מחסום באקה (כביש 574) הממוקם בחומת ההפרדה הצמודה לעיר באקה המערבית.
מחסום טורה-שקד המוגדר כמחסום 'מרקם חיים', שהוקם על נתיב המקשר בין הגדה למרחב התפר, ולמרות הגדרתו המבטיחה התחשבות הומניטרית, הוא נועד לסגירה מהירה של התנועה בין מזרח הגדה למערבהּ, בהתאם לצרכים ביטחוניים. עוברים בו בעיקר תלמידים, סטודנטים, פלסטינים העובדים בג'נין וכן תושבי הכפר טורה בדרכם לעבודה באזור התעשייה שח"ק הסמוך.